肇庆海事局内设机构7个（办公室、党群工作部、财务会计处、执法督察处、船舶监督处、船员管理处、指挥中心），办事机构2个（海巡执法支队、政务中心），派出机构6个，即：封开海事处(海巡执法大队）、德庆海事处(海巡执法大队）、港口海事处(海巡执法大队）、鼎湖海事处(海巡执法大队）、高要海事处(海巡执法大队）、绥江海事处(海巡执法大队）。